Mısır püskülü çayı birçok açıdan faydalı olsa da bazı özel durumlarda olumsuz etkileri olabilir. Özellikle ciddi ve kronik bir rahatsızlığı olanlar, bir hastalık sebebiyle tedavi süreci devam edenler mısır püskülü çayını kullanmadan önce mutlaka doktoruna danışmalıdır.

Mısır yetişirken üzerinde oluşan polenler çoğunlukla püskül kısımlarına tutunur. Mısır püskülü çayı ile birlikte bir miktar polen vücuda girebilir. Polen alerjisi, bahar alerjisi olanlar mısır püskülü çayını tüketirken etkilerini gözlemleyerek tüketmeli; rahatsızlık veriyorsa tüketimine son vermelidir.

Yüksek tansiyon sorunu olup ilaç kullanan kişiler, mısır püskülünün tansiyon düşürücü etkisiyle aşırı düşük tansiyon problemiyle karşılaşabilir. Eğer tansiyon düşürücü ilaç kullanıyorsanız mısır püskülü çayını ilaçla yakın zamanlarda içmekten kaçınmalısınız.

Susuzluk (dehidrasyon), vücutta yeterli su olmaması ya da ishal gibi durumlarda mısır püskülü çayı idrar söktürüp daha çok su kaybına neden olacağından tüketilmemelidir.

Söktürücü etkisi olduğundan adet söktürücü olarak da faydalı olabilir ancak hamilelerde, emziren kadınlarda mısır püskülü çayı tüketimi önerilmemektedir. Rahim kaslarının kasılmasını artırarak hamilelik sürecinde ciddi sıkıntılara neden olabilir.